■本館：南岳の火口より北西約5km、桜島港（袴腰）の東約500mの大正溶岩原にある。
2階建ての管理棟と研究・観測棟および3階建ての別棟から成っている。
研究・観測棟には、テレメータ室、データ処理室、研究室等がある。別棟の3階は見晴らしのよい観測塔で火山表面現象の観測に使用されている。
■ハル夕山観測室：昭和52年度まで観測所の本館であった施設で、南岳の活動火口より北西約2．8kmの地点にある。構内には、別棟の資料室と半地下地震計室および深度405mの複合観測井がある。
■ハル夕山火山活動総合観測坑道・観測井：人工的、白然的 擾乱を避け火山活動に伴う変化のみを高精度に観測する目的で、火口の北西2．8kmのハル夕山溶岩丘の麓に総延長250mの水平観測坑道と深度300mの観測井が設置されている。
■吉松観測室：加久藤カルデラの外輪山西部にあり、周囲にスパン500mの3点地震観測網を備えている。この内の1点は奥行き約120mの観測坑道で先端は地殻変動観測坑道となっている。